液相色譜的柱子通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱;反相柱填料主要以硅膠為基質，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(ODS)稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8,C4,C2和苯基柱等。
液相色譜柱在使用前，最好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是最佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
液相色譜柱的維護分為： 色譜柱的平衡、色譜柱的再生、最后才是色譜柱的維護。下面詳解：
一、色譜柱的平衡
反相色譜柱由工廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10-20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。 每天用足夠的時間以流動相來平衡色譜柱，您就會在處理問題方面獲得最大的"補償"，而且您的色譜柱的壽命也會變得更長!操作步驟：
1.平衡開始時將流速緩慢地提高，用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線(緩沖鹽或離子對試劑流速如果較低，則需要較長的時間來平衡)
2.如果使用的流動相中含有緩沖鹽，應注意用純水"過渡"即每天分析開始前必須先用純水沖洗30分鐘以上再用緩沖鹽流動相平衡; 分析結束后必須先用純水沖洗30分鐘以上除去緩沖鹽之后再用甲醇沖洗30分鐘保護柱子。
二、色譜柱的再生
長期使用的色譜柱，往往柱效會下降(柱子的理論塔板數減低)。可以對色譜柱進行再生，在有條件的實驗室應使用一個廉價的泵進行柱子的再生。
三、色譜柱的維護
1.使用預柱保護分析柱(硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度)
2.大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2-7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍
3.避免流動相組成及極性的劇烈變化
4.流動相使用前必須經脫氣和過濾處理
5.如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中
6.氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
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